Fue creado en el año 1989, por Ley Provincial N°1193. El predio, hasta entonces utilizado por el Ejército Nacional, fue cedido por el Estado Nacional Argentino al Estado Provincial de La Pampa para la instalación y mantenimiento de un Jardín Botánico. Desde entonces se comenzó con tareas de acondicionamiento, limpieza, instalación y construcción; como así también se enviaron notas a las distintas embajadas solicitando apoyo económico y/o semillas.
En el transcurso de los años se continuó con los trabajos de mantenimiento, que son tareas que se realizan de forma permanente en el lugar.
Finalmente, abrió sus puertas al público el 14 de diciembre de 2010.